基础医学院拥有国家重点学科1个，国家中医药管理局重点学科3个，省重点建设高校优势特色学科1个，省一流学科2个，省重中之重学科3个，省重点学科2个，省中医药重点学科1个，校级资助学科4个，拥有国家中医药管理局重点实验室中医风湿病重点研究室、国家中医药科研三级实验室中医临床基础实验室、省“2011协同创新中心”免疫性疾病中医诊治协同创新中心、浙江省中医风湿免疫重点实验室、省级工程研究中心中医“治未病”智慧健康浙江省工程研究中心，以及浙江省中医“瘀毒”证重点实验室。