基础医学实验教学中心组建于1999年，为“十三五”省级重点建设示范教学中心和省级实验教学示范中心。2023年3月获浙江省高校实验室工作先进集体荣誉。中心隶属基础医学院，主要承担51门实验课程，24个本科专业及国际教育学院、研究生院的实验教学，开展156个实验项目。中心下设机能实验教学中心和形态实验教学中心，机能实验教学中心包括医学机能实验室、微生物与免疫实验室、生物化学与分子生物学实验室；形态实验教学中心包括解剖实验室和组织、病理学实验室。

目前实验中心人员15名，包括教授1名、副教授1名、实验师10名。其中3名教师具有博士学位。中心教师近3年主持国家自然科学基金青年科学基金项目1，国家级大学生创新创业训练计划1，省基础公益研究项目1，浙江省第十四届大学生生命科学竞赛3，指导本科生发表科研论文3篇，教育部产学研项目3项。

在教育部、省教育厅、学校和学院的大力支持下，中心建设实现跨越式发展，建设成效显著。中心教学环境舒适、宽敞，用房面积大约4961.2 m2，分布于滨文和富春两校区。实验中心近几年每年投入约200万～300万元用于新设备采购和旧设备更新，使仪器设备始终处于良好的工作状态。近3年建成：2间信息化集成化信号采集与处理系统机能实验室、1间数字化解剖实验室、3间组织学与病理学智能显微数码互动系统、1间生物化学创新性实验室。已建立基础医学实验教学实验示范中心网站(https://jczcmu.zgmedu.com/login/#/)和解剖学网站（https://m.yunjiepou.com/#)，网络共享程度高。已建虚拟实验室，包括人体解剖学3D数字虚拟人、医学机能学虚拟仿真实验项目（21项）、ESP功能数字人系统（16项）、病原微生物学与免疫学虚拟仿真实验项目（14项）、生物化学与分子生物学虚拟仿真实验项目（6项）、形态学虚拟仿真3个实验模块（病理学数字化教学系统、组织与胚胎学、人体寄生虫学）、临床前基础医学综合性设计性案例3项。

教学实验中心的主要研究方向：实验课程整合和实验课程教改。